L’abbaye de Cluny possédait déjà des terres à Saint-Hippolyte au milieu du 10e siècle, suite à des échanges avec les seigneurs d’Uxelles.
Une première église fut donnée à Cluny au début du 11e siècle par Jocerand de Brancion. Le site de Sancto Ypolito devient alors une obédience dépendant du doyenné de Bezornay, puis un doyenné plus important à vocation agricole dans la deuxième moitié du 11e siècle.
L’église fut construite au début du 12e siècle et elle reçoit la visite du pape Pascal II en 1107. En 1214, les moines clunisiens sont reconnus comme possesseurs exclusifs par le Roi de France, augmentant l’importance de Cluny vis à vis des seigneurs d’Uxelles et de Brancion. Ensuite, le doyenné fut fortifié par les moines et l’église fut transformée en donjon au 13e siècle. Le castrum est mentionné en 1319. Puis, le doyenné fut ruiné aux 15e et 16e siècles, peut-être par les Ecorcheurs en 1441.
La nef, ruinée, s’écroule définitivement au 18e siècle.
Le doyenné est transformé en grange après la Révolution. Propriété privée, il tombe dans l’oubli. L’église fut classée Monument Historique en 1913.
